الف) قسمت پستانداران : در اين قسمت انواع مختلف پستانداران از نقاط مختلف كشور از جمله منطقه شمال غرب كشور جمع آوري گرديده است ديگر نمونه هاي جمع آوري شده مربوط به شمال ايران ، مركز ايران مي باشد كه نمونه هاي ذكر شده در دكورهاي مربوطه خويش كه بصورت كاملا طبيعي ساخته شده است قرار گرفته و بازديد كننده ميتواند نمونه مورد نظر خود را در محيطي كه خود نمونه در آن زندگي ميكند مورد ارزيابي قرار دهد .
ب) بخش پرندگان :منطقه آذربايجان غربي خود محل زيست حدود 45% پرندگان ايران جه بصورت بومي و چه بصورت مهاجر مي باشد ، كه جمع آوري اين گونه ها مي تواند كمك شاياني در جهت تحقيق محقيين و دانشجويان باشد . البته تعداد پرندگان موجود در موزه بسيار معدود مي باشد . ولي در آينده اي نزديك بخش پرندگان نيز در موزه راه اندازي خواهد گرديد .
ج) بخش حشرات : در بخش حشرات موزه مجموعه اي از گونه هاي مختلف بندپايان بويزه حشرات نگهداري مي شود. بيشتر نمونه اي موجود در اين مجموعه از مناطق مختلف استان آذربايجان غربي جمع آوري و شناسائي گرديده است . در عين حال نمونه هائي نيز از مناطق مختلف كشورمان و ساير كشورها در اين بخش وجود دارد . نمونه هاي حشرات اين مجموعه در دو بخش عمومي و تخصصي گروه بندي گرديده است . نمونه هاي موجود در بخش عمومي براي آشنائي مردم عادي ، دانش آموزان و افراد غير متخصص با دنياي حشرات آماده سازي شده و در معرض ديد قرار گرفته است . نمونه هاي موجود در بخش تخصصي براي استفاده كارشناسان كشاورزي ، متخصصين رده بندي بندي حشرات و دانشجويان آماده سازي شده و در فايلهاي مخصوص نگهداري مي شود . تبديل اين بخش موزه به بزرگترين مجموعه جمع آوري ، شناسائي و نگهداري حشرات در منطقه شمال غرب كشور در برنامه هاي آتي موزه قرار دارد .
د) بخش آبزيان : شامل نمونه هاي مختلف ايران و جهان از جمله ماهي هاي آبهاي خليج فارس و درياي عمان ، صدفها و سخت پوستان كه اكثرا از اقيانوس آرام و اطلس مي باشد و در قسمت آب هاي داخلي نيز اكثر آبزيان و صدف هاي آب هاي شيرين آذربايجانغربي نگهداري مي شود .